Länsstyrelsen i Västra Götaland beslutade 2012-04-03 att bilda Färgensjöarnas naturreservat. Naturreservatet innefattar de sedan tidigare skydda områdena Granön, Stora Slättön och Ljussnopparna samt två större områden med landskapsbildsskydd. Dessa beslut har upphävts i och med det nyinrättade naturreservatet.
Naturreservatet omfattar hela Stora Färgen med omgivningar, undantaget sjöns östra strand som innefattar Lygnareds campingplats, Björkudden, Färgered, Svanvik, Skämningared, Soludden och Sundet. Även den nordvästra delen av Lilla Färgen med strand ingår i naturreservatet.
Syftet med naturreservatet är att skydda områdets ädellövskogar och övriga värdefulla skogsmiljöer, strandmiljöer och öar, intressant växt- och djurliv, tilltalande landskapsbild samt att tillvarata områdets goda möjligheter för rekreation och friluftsliv.
Lövskogarna i Färgenområdet ingår i en för landet särskilt värdefull lövskogstrakt med till exempel flera krävande arter av skalbaggar och lavar knutna till grova ekar. Värdefulla delar i naturreservatet är ekskogarna på Slävik, lindängen på Färgenäs, ädellövskogarna kring Skaftared och ekskogen på Dumpevik. Sammanlagt 27 stycken rödlistade arter, det vill säga hotade och missgynnade arter, är kända från området.
Förvaltare för naturreservatet är Västkuststiftelsen.